Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui penerapan whistleblowing system dalam rangka penegakan integritas pada Badan Pemeriksaan Keuangan. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah kualitatif dengan paradigma interpretif dan pendekatan etnometodologi. Teknik analisis data yang digunakan pada saat pengumpulan data berupa wawancara, observasi dan dokumentasi kepada informan kunci serta informan pendukung. Hasil dari penelitian ini adalah bahwa Badan Pemeriksa Keuangan sudah melakukan langkah positif dengan menerbitkan keputusan Sekertaris Jendral Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Nomor 507/K/X-XIII.2/12/2011 tentang penanganan pelaporan pelanggaran whistleblowing system. Whistleblowing system merupakan salah satu bentuk implementasi untuk meningkatkan integritas pada Badan pemeriksa Keuangan serta untuk mencapai good public governance. Penerapan whistleblowing system di BPK sudah terlaksanakan dengan baik, tetapi beberapa kendala masih terjadi seperti pemahaman atas whistleblowing system yang belum merata dan masih ada keenganan pegawai BPK untuk melakukan pengaduan melalui whistleblowing system. Oleh karena itu sosialisasi merata mengenai whistleblowing system kepada pegawai menjadi kunci atas penyelesaian kendala tersebut.